Tháng 2/1274, phụ vương là Thiên hoàng Kameyama thoái vị, Thái tử lãnh chiếu kế vị[3]

Tháng 4/1274, Thái tử lên ngôi lấy hiệu là Thiên hoàng Go-Uda[4]. Đổi niên hiệu thành Bun'ei (1274-1275).

Thời ông cai trị, quân Mông Cổ xâm lược Nhật Bản hai lần (1274, 1281), nhưng đều bị quân dân Nhật Bản với sự "hỗ trợ" của bão tố đã đánh tan quân Mông - Nguyên.

Năm 1275, ông lập thân vương Hirohito của nhà Daikakuji (nhánh của Go-Uda) làm người kế vị[5].

Tháng 11/1287, Thượng hoàng Go-Fukakusa không hài lòng với sự thống trị của Thiên hoàng Go-Uda nhà Daikakuji đã ra lệnh truất phế Go-Uda, đứa con trai mình (vốn thuộc họ Jimyōin-tō của Go-Fukakusa) lên ngôi, hiệu là Thiên hoàng Fushimi.